當核能電廠發生核子事故，由本中心召集國防部陸軍司令部、海洋委員會海巡署、交通部中央氣象署、內政部空勤總隊及台電公司放射實驗室共同成立核子事故輻射監測中心，執行陸海空環境輻射偵測作業及監測農林漁牧產品及飲用水質，以確保民眾生命健康及財產安全。

1.陸域輻射偵測
搭載輻射偵檢器的車輛進行陸上機動偵測，儀器配備GPS定位系統及4G無線網路，自動傳輸即時輻射劑量率至偵測資訊圖像化平台。

2.海上輻射偵測
於事故中後期，為了解核電廠周邊海域之輻射狀況，與海巡署合作，進行海上輻射偵測及表層水取樣作業，以確保海洋無輻射污染。

3.空中輻射偵測
於事故後期，為了解受影響區域之地面輻射污染狀況，與國防部及內政部空勤總隊合作執行空中輻射偵測，依事故狀況及氣候條件，提供地面大範圍輻射污染分布資訊。