本中心主要業務為執行全國環境背景輻射偵測、核設施周圍環境輻射偵測、民生食品放射性含量檢測及輻射異常物檢查，確保國民的輻射安全。
近年來，持續精進環境輻射偵測與分析技術，強化環境輻射自動監測系統，即時掌握及公布全國環境輻射監測資訊；並加強採集各類環境樣品分析計測及積極參與國際性比較實驗與技術交流，持續精進相關技術能力；災害應變部分，亦與國內防救災單位合作，提升輻射災害及核子事故整備應變能量。