馬總統於國家安全會議311專案第五次會議裁示：「三座運轉中核電廠及一座興建中核電廠，應再予以總體檢」，原能會奉　示，旋於3月24日及28日兩度邀集經濟部、臺電公司共同檢討現有核能機組因應事故之能力以及天災發生之後救災過程中，潛在可能發生設備喪失功能的危險要項，並參酌國際組織及世界核能先進國家的改善措施，擬定國內核能安全防護措施，以強化現有核能機組抗地震、抗山洪、抗海嘯的機制，確保國內核能電廠的運轉更加安全，務求讓民眾安心、放心。 

除上述「核能安全防護措施」外，同時由原能會針對日本福島一廠救災過程中，所衍生的應變作為與民眾關切議題，檢討臚列「輻射防護及緊急應變機制」部分，期能記取經驗、防範未然。

原能會復於3月29日召開內部總檢討會議，完成初步規劃，整併彙如「國內核能電廠現有安全防護體制全面體檢方案(草案)」。

全面體檢方案嗣經3月31日原能會委員會議討論通過後，於4月8日正式簽陳行政院，並於4月19日奉行政院修正核定施行。

全面體檢方案執行期程分近期(至100年6月底)及中程(至100年12月底)兩個階段辦理。期間原能會將依據臺電公司及相關單位檢討之議題內容與時程，進行審慎與嚴謹之審查及列為追蹤管制項目，並持續蒐集福島電廠事故最終檢討報告及依據國際原子能總署、日本及美國等檢討報告之經驗回饋與建議，要求臺電公司及相關單位儘速執行相關強化暨改善措施。

全面體檢方案所需經費，原則由各機關年度預算辦理，倘有不足時，得透過法定程序，由核子事故緊急應變基金支應。其追蹤與管考作業由原能會負責，協調各相關部會及有關機關每週提報辦理情形，每月召開督導會報一次並將按月彙整執行進度提陳行政院會議審議。