輻射防護管制的核心宗旨是以專業的輻射安全管制與稽查，保障人員及環境之輻射安全。管制之標的包括核子設施、醫療機構、學術機構、工業、農業等單位所使用之放射性物質及可發生游離輻射設備，保護之對象包括從業人員、接受放射性診斷及治療之民眾、一般民眾及週遭之環境。
為了確保輻射應用之安全，輻防組對放射性物質及可發生游離輻射設備之生產、銷售、輸入(出)、安裝、使用、停用、轉讓及永久停用等輻射作業，以及相關之操作人員、輻射防護人員，均透過嚴謹的證照及許可制度予以管制，藉由強化各輻射工作場所自主管理，合理抑低輻射工作人員劑量，增進輻射醫療品質，並利用網路系統提供業者便捷之申辦服務，以提升國內輻射安全管制水準與服務品質。