經濟部業於113年5月10日訂定生效「經濟部放射性廢棄物處置專案辦公室設置要點」，據以推動我國放射性廢棄物最終處置選址相關業務。該專案辦公室任務包括高放射性廢棄物最終處置選址法案推動、高低放射性廢棄物處置選址作業及必要之地質調查、及公眾溝通等。核廢處置專案辦公室之成立有助於國內核廢料問題之處理，核安會樂見其成。

核安會自112年9月27日改制為獨立安全管制機關，負責國內放射性廢棄物安全管制工作，為避免裁判兼球員之疑慮，不會參與經濟部處置專案辦公室之運作。惟專案辦公室推動處置選址業務過程中，核安會將本於安全管制機關角色，提供專業管制資訊。