核能安全委員會依組織法設置五至七名委員，由具有核能安全、輻射安全、放射性物料或法律等相關學識及經驗之專家學者兼任，並透過定期召開委員會議行使職權，落實獨立機關合議制精神。

另函頒實施「核能安全委員會委員會議議事要點」，明定19類依法應由委員會議議決之處分、許可及公告等重大事項，6類事後提請委員會議追認之事項。自改制為獨立機關後至115年2月已召開15場委員會議，並確實依議事要點規定提經委員會議議決，會議紀錄均依法主動公開。